Sekuens Sekuens yang Terkait Dengan Unsur Transposabel

Banyak salinan unsur transposabel dan sekuens sekuens yang berkaitan tersebar di seluruh genom eukariotik. Satu satuan tunggal bisa memiliki panjang ratusan sampai ribuan pasang basa, dan salinan salinan yang tersebar tampak mirip namun biasanya tidak identik satu sama lain. Sebagian di antaranya merupakan unsur transposabel yang bisa berpindah. Enzim enzim yang di butuhkan untuk perpindahan ini mungkin  di kodekan oleh unsur transposabel apa saja, termasuk yang berpindah. Yang lain adalah sekuens yang terkait yang telah kehilangan kemampuan berpindah. Unsur transposabel dan sekuens terkait menyusun 25%-50% dari sebagian besar genom mamalia, dan presentase yang lebih besar lagi terdapat pada amfibia dan banyak tumbuhan.

Pada manusia dan primata lain sebagian besar DNA terkait unsur transposabel terdiri atas famili sekuens serupa yang di sebut unsur Alu . Sekuens sekuens ini saja menyusun sekitar 10% genom manusia. Unsur unsur Alu panjangnya sekitar 300 nukleotida, jauh lebih pendek daripada unsur transposabel fugsional, dan tidak mengodekan protein apapun. Akan tetapi banyak unsur Alu yang di transkripsikan menjadi RNA, yang fungsi selularnya jika ada belum di ketahui sampai saat ini. Presentase yang lebih besar lagi (17%) dari genom manusia tersusun atas sejenis retrotransposon yang di sebut LINE-1 atu L1. Sekuens sekuens ini lebih panjang daripada unsur alu sekitar 6.500 pasang basa dan memiliki laju transposisi yang rendah. Penelitian terbaru telah mengungkapakan keberadaan sekuens sekuens dalam L1 yang memblokir gerakan maju RNA polimerase, yang di perlukan dalam transposisi. Analisis genom yang menyertai penelitian ini menemukan sekuens sekuens L1 di dalam intron dari hampir 80% gen manusia yang di analisis. Ini menunjukan bahwa L1 tampaknya membantu meregulasi ekspresi gen. Para peneliti lain telah mengajukan bahwa retrotransposon L1 mungkin memilki efek diferensial terhadap ekspresi gen dalam neuron yang sedang berkembang , turut berperan menyebabkan keanekaragaman yang luar biasa dari tipe tipe sel neuron..

Walaupun banyak unsur transposabel mengodekan protein, protein protein ini tidak melaksanakan fungsi sel normal. Oleh karena itu unsur transposabel seringkali di golongkan ke dalam kategori DNA bukan pengode bersama dengan sekuens repetitif lainya.